全ファイル、フォルダーをバックアップしますが、あるファイルやフォルダーがバックアップされていない場合は、そのファイルやフォルダーの許可設定が原因と考えます。アクセスできる正当な許可がないことがあります。バックアップ中に "550 Access is denied"を返すファイルやディレクトリが出た場合、それらは飛ばしてバックアップを継続させます。
ディレクトリーへの適切なアクセス許可を設定して、FilezillaなどのFTPクライアントを使い接続テストを実行してください。
適切に許可を付与されると、次のバックアップはディレクトリの内容を含めます。
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